そのままトラッキングコードを埋め込むとIEではトラッキングできません

http://code.google.com/intl/ja/apis/analytics/docs/tracking/gaTrackingSite.html#trackingIFrames

Internet Explorer 6 以降のデフォルトのプライバシー設定では、サードパーティのウェブサイトはファーストパーティ サイトの Cookie を保存できないようになっています。

IEでもトラッキングデキるようにするにはHTTPヘッダーでP3Pの情報を送る必要があるようです
http://www.savio.no/blogg/a/104/how-to-track-facebook-iframes-with-google-analytics

P3P情報として送るCPの内容は本当はいろいろ取り決めがあるのですが、ダミーでも動く模様です。

[php]

[/php]

P3P情報の詳細について詳しく知っているわけではないのであくまで自己責任。

ほかにこんな方法もあります。
こっちのほうが一般的に広まっている・・・のかな？？？

facebookのファンページをGoogle Analyticsで計測する

でも私はよく知らないイギリスのサービスを使ってトラッキングするのは怖かったのでやめといた。。。