css3 – CSS transition and z-index conflict – Stack Overflow
http://stackoverflow.com/questions/24915584/css-transition-and-z-index-conflict

ラッパー要素や親コンテナに動かす要素よりも小さいzindexを掛ける
[css]
.wrap {
z-index:1;
}
[/css]
JUST DO IT

2015.09.02追記 svgの描画バグでも治りました。