[2015.7.7 追記]
・・・なんと、functions.phpで上書きしてた。。。orz
機能調べて追記したやつがうわがいてたからだった。

うーん wppのデフォルト画像だけは全くいじれないのなぜだ

の
WordPress Popular Postsが取得する画像URLを変更したいです。 W… – 人力検索はてな
http://q.hatena.ne.jp/1416563733
これ。
早速消したら下記の現象はなくなりましたよ。
最新版のwppはちゃんとサムネ作ってるはずなのになんでって思ったら自分で他のサムネにへんこうしてたら世話ねぇわwww
というわけでwppの中の人ほんまにほんまにすんませんでした！（自戒のためエントリ残します）
[//2015.7.7 追記]

なんだこのプラグインめんどくっさいなぁ（おこ）
デフォのサムネが正方形じゃなかったら、アスペクト比おかしいまま出力される件について

[Я]カテゴリ別人気記事でアイキャッチ画像がつぶれる場合の解決法 ： りくまろぐ

カテゴリ別人気記事でアイキャッチ画像がつぶれる場合の解決法

ob_startで出力を一回やめておいて記録、ob_get_cleanで記録をおえて、その中身を取得。

標準出力のバッファリングを有効化するPHP関数ob_start | AkisiのWEB制作日記

標準出力のバッファリングを有効化するPHP関数ob_start

他に用意している正方形の方にアドレスを書き換えるってどうなんそれ。。。抜け漏れありそうやけど
これプラスいざというときのためにCSSで記述追加しといたらいいかぁ。

あと、試してないけどこんなのもあるらしい↓
IDぶっこ抜いてDBから直接欲しいサイズの画像をもってくるやつ
【WordPress】WordPress Popular Postsでサムネイル画像を指定サイズのものに差し替える方法 | スターフィールド株式会社
http://sterfield.co.jp/designer/%E3%80%90wordpress%E3%80%91wordpress-popular-posts%E3%81%A7%E3%82%B5%E3%83%A0%E3%83%8D%E3%82%A4%E3%83%AB%E7%94%BB%E5%83%8F%E3%82%92%E6%8C%87%E5%AE%9A%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%81%AE%E3%82%82.html