サイズというのは、そのファイルの実際のサイズです。
ディスク上のサイズというのは、HDDを何バイト使ってるかということです。

ファイルのサイズと、食ってるディスクの容量なぜ微妙に違うかというと、Windowsのファイルシステムはたいてい4KBごとのクラスタに区切られているからです。1バイトしか無いファイルでも、ディスク上のサイズは4KB使ってます。10バイトのサイズのファイルでも、やはりディスク上のサイズは4KBです。では4.05KBなどとちょっと4KBより大きいファイルを保存したとします。今度はディスク上のサイズは8KBになりますね。
そういう感じで4KBごとに区切られて管理されているので、実際のファイル本体のサイズとそのファイルを保存するのに使われているディスクの容量は微妙に違うわけです。たった1バイトのファイルを10コ保存したら合計10バイトではなく、40KBも使うことになります。
4KBごとに区切られていると書きましたが、そのクラスタにどんなに小さくても１つファイルがあると、ほかのファイルはそのクラスタを使えず、別のクラスタを使うからです。

だそうな。

http://oshiete.goo.ne.jp/qa/3063430.html